相較之下，教堂彩窗則始於教堂建築的發展。基督教在歷經羅馬帝國的數百年壓迫後，於西元四世紀初成為合法宗教，並後續成為唯一國教，而規模宏偉的教堂也迅速隨之出現，有色玻璃組合鑲嵌的教堂彩窗也應時而生。現存最早的人物形象彩窗殘片源自西元六世紀，而仍留存原處的最早彩窗則是十二世紀德國奧格斯堡主教座堂（Augsburg Cathedral）的五扇先知人物彩窗，它們展現出此時典型的濃厚平面性、對稱構圖、捨棄細節的大氣風格，呼應著仿羅馬式（Romanesque）教堂建築的簡潔空間格局與石材厚重感，成為形塑教堂空間莊嚴深沉宗教氛圍的關鍵角色。
教堂彩窗象徵上帝聖潔精神
在這種風格廣傳的同時，另一種新的追求也正在醞釀萌芽。自十二世紀開始發展的基督教經院哲學（scholasticism）帶動了人們對早期神學家著作的「再發現」；其中，亞略巴古的偽狄奧尼修斯（Pseudo- Dionysius the Areopagite, ca. 500 AD）對「光」的神性闡釋在此時為教堂藝術提供了重要的美學啟發；而法國皇家所屬聖德尼修道院（Benedictine Abbey Church of Saint-Denis）的新堂工程（1144完工）便首開先河地實踐了此宗教美學。該修道院院長蘇杰（Suger, 1081-1151）的獻堂禱詞流露出哥德教堂建築的核心精神：以有形方式（意即可觸、可見的感知視覺表現）彰顯上帝那非物質性的精神性與神聖性，以頌讚其榮耀與耶穌基督的聖名。充盈著神秘之光的教堂為人們開了一扇管窺天上耶路撒冷城榮美的窗，開闢了一個能初嘗上帝光明聖潔同在的獨特所在。隨著哥德教堂建築的後續發展，單扇或系列窗組類型的教堂彩窗在結構設計與內容規畫的複雜度與佔牆比例規模上，也逐漸臻至巔峰，成片挑高的繽紛彩窗代替了厚重的壁面，將教堂空間形塑成瑰麗透光的珠寶盒一般，創造出教堂彩窗的黃金時期。
中世紀教堂彩窗展現「光」所象徵上帝神聖性的手法，依其審美特質可分為兩大類型。一種是極盡華麗之能事地透過豐富的典故場景與五彩璀璨的視覺效果，來呼應上帝的豐富、高貴與榮耀；代表性的幾座哥德教堂，如前述的德尼修道院新堂、十三世紀的夏爾特主教座堂（Chartres Cathedral）與巴黎聖禮拜堂（Sainte- Chapelle）等，皆是佳例。另一種類型則是始於西妥修會（Cistercian Order）的「灰彩窗」（Grisaille window），力倡者正是與蘇杰院長同時期、有著「神祕主義之父」美譽的西妥會創辦人聖伯納（Saint Bernard of Clairvaux, 1090-1153）。他批評時下過度訴求感官的華麗教堂彩窗容易令人分心而錯失聖藝（sacred art）的本質，導致感官的愉悅凌駕於心靈的沈澱。反之，好的宗教藝術應要引人回歸內在心靈，在安靜中體悟上帝的豐富奧妙。於是，這類彩窗摒棄了複雜的人物場景與多色玻璃的搭配，取而代之的是鉛灰線條所勾勒出排列規律的植物枝葉（如葡萄葉、常春藤等）或暗藏象徵的盤捲纏繞幾何圖式，搭配透明玻璃或統一性帶有金黃暖色的銀染玻璃（silver stained glass）；這些帶有象徵意涵的非敘事性圖案與滲透各角落的淡金光線形塑出一種獨特的沉靜內斂，呼應上帝本質裡的另一面向：聖潔、純粹與絕對的秩序，並賦予教堂空間一種兼具簡樸清透與精準細緻的特質，展現西妥會傳統追求的信仰精神性與純淨清明。
教堂彩窗做為信仰教義與緬懷紀念的重要載體
在視覺美感之外，教堂彩繪玻璃也是凸顯信仰教義與緬懷紀念的重要載體。因此，不同結構的彩窗各自有適合的內容。直向長窗多展現聖經典故、救恩歷史，或與該教堂及當地歷史相關的聖徒像與聖徒誌；而玫瑰窗（Rose window）則基於其圓形結構，多搭配帶有「時序循環」或「宇宙運轉」意涵的象徵圖像，如四季、十二月份、黃道十二宮星座、宇宙四元素（水、火、土、空氣）等，或者居中端坐寶座上的基督或瑪利亞被眾天使與長老環繞的天庭景象。
中世紀之後的教堂彩窗基本上繼續遵循著前人所締造的典範與傳統；然而，十六到十八世紀期間對寫實藝術風格的追求、宗教改革運動與宗教戰爭迭起、高舉理性科學的啟蒙運動等，都讓浸潤在半幽暗變幻色光、投射屬天神密的教堂類型走向衰微。一直要等到十九世紀，在浪漫主義、歷史主義、民族主義、對工業化的反動、信仰復興運動等諸多複雜因素的推波助瀾下，回歸中世紀風格、卻又帶有新意的教堂彩窗才又再度迎來新一波的復興。時至二十一世紀，教堂彩窗的創新之旅仍在繼續；然而不變的，是它們所訴說人心對永恆真理的渴求、所反映的塵世社會脈動，以及千年不衰的觸人心弦力量。