臺南喜樹萬皇宮創建於清乾隆四年（1739年），為喜樹居民的信仰中心，每年農曆8月24日皆會舉行龜醮儀式，2021年，在靜宜大學生態學系退休教授簡炯仁的協助下，「喜樹萬皇宮龜醮」被臺南市文化資產局登錄為民俗類無形文化資產。
靈龜報復 居民懺悔
在喜樹還被人稱為「喜樹庄」時，相傳距今大約二百年前，生活在這個地區的庄民多以牽罟維生，一日，庄民們意外捕獲一隻大海龜，當時眾人生活困苦，便決定將大海龜宰殺分食。未料，幾日之後村莊裡發生火災，這些庄民比鄰而居，整排相鄰的房子都有危機，但大火卻有目的似的，一棟跳著一棟燒。
庄民們人心惶惶，遂向天妃壇「天妃娘娘」求助，經天妃娘娘指示，須請萬皇宮主祀的三府千歲處理，祂隨後明示居民，當日捕獲的是修鍊得道的海龜精，卻慘遭分食，因此挾怨報復，降災喜樹。在三府千歲的協調下，為了平息災厄，指示庄民往後須尊稱海龜精為「龜靈公」，且須製做一艘「仙舟」獻給龜靈公，並於每年農曆8月24日，舉辦醮典，火化仙舟，以示謝罪。
雖龜醮的起源並無文字記載，但簡炯仁發現，日治時期大正4年（西元1951年）出版的《臺南廳寺廟取調書‧喜樹廟宇》記載，農曆8月24日萬皇宮有大型祭典舉行，剛好與龜醮舉行日期相符，「顯示龜醮於日治時期已是重要祭典，所以推測清朝時期就已經出現龜醮。」1926年，《臺灣日日新報》記載，鄰近喜樹的高雄彌陀庄，曾有漁人捕獲海龜，但經其他庄民警告，如食用或將帶來災厄，因此眾人決議如送神般放鞭炮將其放生，1933年連橫《雅言》亦有喜樹庄民分食海龜遭遇災厄的敘述；從過往紀錄來看，烏龜的生態足跡曾出現在小琉球、蘭嶼、綠島等地，也曾有烏龜在臺南地區擱淺，這些都增加了傳說故事的可信度。
龜醮，與一般作醮禳災祈福的意義不同，是向「龜靈公」謝罪的儀式。儀式開始前，廟方首先會用紙糊作出仙舟及龜靈公的金身，仙舟上設一廳，佩上幾名船伕；仙舟旁掛上「代天巡狩 萬皇仙舟」的標記，代表千歲爺押送離境；舟尾插上五色旗，象徵三府千歲五營兵馬相送。
仙舟起航 開光點眼
喜樹、灣裡一帶盛行瘟王信仰，許多人將龜醮與王醮混淆，因仙舟與臺灣西南地區沿海王船信仰所使用的王船外型相像，常被誤認為送瘟的王船，把龜靈公誤認為中軍爺，與一般王船不同的是，仙舟乃是用紙糊所製作的，王船一般使用木頭製作。
仙舟啟航前，道長會唸咒並以硃筆沾雞血，對龜靈公進行「開光點眼」後，安置仙舟座艙，再將柴、米、油、鹽、醬、醋、茶等生活必需品放入仙舟「添儎」，最後將仙舟、水手開光點眼，於仙舟兩側各黏上十八張平安符後，再由廟方人員點劃船帆象徵出帆，即完成開光點眼儀式。
接著，仙舟即將出航，道長首先吟唸疏文，請三府千歲對外宣示此「萬皇仙舟」是喜樹萬皇宮要獻給龜靈公的補給船，再請廟方人員向仙舟敬酒後，起錨出航。從萬皇宮出發時，三府千歲領隊在前，「廟方人員在仙舟前持鋤頭、裝滿水的水壺，沿途灑水，象徵『開水路』，使仙舟能夠順利航行。」簡炯仁說。
火化仙舟 傳承信仰
直至設立臨時祭壇的地點，民眾將添儎品及三種金紙置於三府千歲案桌前燒香膜拜，道長便開始誦經。「金紙有三種：王爺金、添儎金、犒賞金，分別代表敬獻給三府千歲、龜靈公，犒賞仙舟上的水手們。道士要誦三種經：《川主妙經》祈求喜樹境內平安；《太上三元寶懺》向龜靈公懺悔；誦《祭仙舟福文》祭龜靈公、仙舟、水手。」簡炯仁補充。
誦經結束後，廟方會聘請歌仔戲團在一旁「做龜戲」，也就是扮仙戲，執演前必會依習俗宣告歲次日期，說明扮仙目的在恭送仙舟、祝賀龜靈公得道成仙，庇護喜樹風調雨順，一個段落後，便再繼續開路將仙舟移往海邊。
因為海岸線變化無常，龜醮儀式最後進行的地點雖相近但並不固定，仙舟抵達沙灘後，廟方會將所有供品都放上仙舟完成添儎，同時將大量的金紙鋪擺於仙舟的周圍，等待道長打船醮，作科儀，與廟方人員焚香跪拜，最後將船錨收起，火化仙舟。
龜醮舉行至今已超過百年歷史，當地耆老們均表示自小即參與過龜醮，未有完整文字記載的龜醮透過儀式、居民口耳相傳流存下來。近年來，喜樹萬皇宮希望將龜醮儀式永續傳承，舉辦「龜醮民俗文化季」之外，也邀請各級學校在儀式進行時前來表演醒獅；2020年喜樹國小附設幼稚園師生更是共同製作「平安米龜」獻給龜靈公；在眾人的努力下，臺南喜樹獨有的龜醮傳統，獲得良好的推廣與傳承。